All uppståndelse i massmedia fick Högsta domstolen att påskynda prövningen vilket resulterade i att de den 17 september beslutade att lämna prövningstillstånd. Det betyder att de ifrågasatte den tidigare domstolsprocessen. Nu ska Högsta domstolen, för första gången efter Sveriges inträde i EU 1995, pröva hur EU-lagstiftningen och miljöbalken ska tillämpas av svenska domstolar i Natura 2000-områden.
Redan den 15 oktober meddelar Högsta domstolen att det tillstånd som Nordkalk tidigare fått inte bör tas i anspråk. Indirekt kritiserar domstolen den tidigare rättsliga hantering av ärendet som skett av Mark- och miljööverdomstolen. Högsta domstolen ger därför Naturvårdsverket, Svenska Botaniska Föreningen och andra inblandade rätt i sin överklagan.
Den 18 juni 2013 kommer så Högsta domstolens dom. Där undanröjs den tidigare domen från Mark- och miljööverdomstolen och målet förvisas till Mark- och miljödomstolen för ny handläggning.
Högsta domstolen fastslår att en tillståndsprövning måste ske som uppfyller kraven i Art- och habitatdirektivet vilket handlar om Natura 2000-områden och att målet därför måste tas om. Prövningen måste också omfatta frågan om det ska ges dispens från förbuden enligt Artskydds-förordningen. Högsta domstolens uttalande om skadebedömningar väger tungt och är en styrka i framtida bedömningar som berör Natura 2000.
”Vi kan återuppta undersökningen av ärendet ifall det uppkommer tecken på att EU-lagstiftningen inte följs i behandlingen av detta ärende i de nationella domstolarna.”
EU-kommissionen, som tagit del av handlingar, meddelade den 22 augusti 2013 efter Högsta domstolens beslut att: ”Idag föreligger därmed inget beslut som skulle strida mot gällande EU-lagstiftning eller andra tecken på att behandlingen av ärendet för närvarande inte skulle ske i enlighet med EU-lagstiftning. Vi har därför beslutat att, åtminstone för tillfället, avsluta undersökningen av detta klagomål. Jag vill betona att beslutet att avsluta undersökningen av klagomålet inte på något sätt är definitivt. Vi kan återuppta undersökningen av ärendet ifall det uppkommer tecken på att EU-lagstiftningen inte följs i behandlingen av detta ärende i de nationella domstolarna. I så fall räcker det att meddela oss detta skriftligen så öppnar vi detta ärende på nytt.”
I mars 2014 hade Mark- och miljödomstolen huvudförhandling för att för tredje gången pröva Nordkalks ansökan. Nordkalk mötte starkt motstånd hos Naturvårdsverket, Havs- och vattenmyndigheten och Länsstyrelsen Gotland samt SMHI som alla fann ansökan bristfällig och därför yrkade avslag. Även Svenska Botaniska Föreningen och andra ideella föreningar yrkade avslag, eftersom ansökan inte fyller de krav som lagen föreskriver och Högsta domstolen fastställt. Motståndet mot Nordkalks ansökan var överväldigande och övertygande, motparten hade uppenbarligen styrkts väsentligt av Högsta domstolens dom. Därför blev resultatet en överraskning.
”Även Svenska Botaniska Föreningen och andra ideella föreningar yrkade avslag, eftersom ansökan inte fyller de krav som lagen föreskriver och Högsta domstolen fastställt.”